6月の事件 日にちごとに発生した事件を掲載（全12件）
6月1日
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佐世保小6女児同級生殺害事件
2004年（平成16年）6月1日、長崎県佐世保市立大久保小学校で、小学6年の女児（当時12歳）が同級生の女児（当時11歳）にカッターナイフで切りつけられ死亡した。インターネットの交換日記を巡るトラブルが背景にあったとされる。加害女児は同年9月15日、児童自立支援施設送致の保護処分を受けた。
6月3日
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雲仙普賢岳噴火災害（大火砕流）
1991年（平成3年）6月3日午後4時8分ごろ、長崎県島原市の雲仙普賢岳で大規模な火砕流が発生し、報道関係者や消防団員、警察官、住民ら死者40人・行方不明者3人の計43人が犠牲になった。避難勧告区域内での取材活動中に多くの報道関係者が巻き込まれたことから、火山災害時の警戒区域運用のあり方が問い直された。
6月8日
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秋葉原通り魔事件
2008年（平成20年）6月8日昼、東京都千代田区外神田の秋葉原で、男（当時25歳）が2トントラックで交差点に突入して歩行者をはねた後、車を降りてダガーナイフで通行人らを次々と刺した。死者7人、負傷者10人を出す無差別殺傷事件となった。東京地方裁判所は2011年3月24日、殺人罪等で死刑判決を言い渡し、2015年2月17日に最高裁で確定、2022年7月26日に死刑が執行された。
6月9日
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2018年東海道新幹線車内殺傷事件
2018年（平成30年）6月9日夜、東京発新大阪行き東海道新幹線「のぞみ265号」の車内で、乗客の男（当時22歳）がなたで乗客に切りつけ、女性2人が負傷し、女性をかばおうとした男性会社員（当時38歳）が死亡した。男は「刑務所に一生入るため」と供述し、2019年12月、無期懲役の判決を受けた。
6月14日
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岩手・宮城内陸地震
2008年（平成20年）6月14日午前8時43分ごろ、岩手県内陸南部を震源とするマグニチュード7.2の地震が発生し、岩手県・宮城県で最大震度6強を観測した。地震により大規模な土砂崩れや地すべりが相次ぎ、17人が死亡、6人が行方不明となった。
6月18日
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大阪府北部地震
2018年（平成30年）6月18日午前7時58分ごろ、大阪府北部を震源とするマグニチュード6.1の地震が発生し、大阪府内で最大震度6弱を観測した。高槻市立小学校のブロック塀が倒壊して登校中の女児が死亡するなど、大阪府内で6人が死亡した。ブロック塀の安全性を巡る全国的な点検・対策の契機となった。
6月19日
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横浜港バラバラ殺人事件
2009年（平成21年）6月、東京・歌舞伎町の雀荘経営者の男性と会社員の男性が、千葉県船橋市内のホテルで監禁された末に殺害され、遺体が解体されて横浜港や山梨県内に遺棄された。裁判員裁判の導入後初めて言い渡された死刑判決であり、控訴取り下げにより裁判員裁判のみで初めて死刑が確定した事件となった。
6月20日
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福岡一家4人殺害事件
2003年（平成15年）6月20日、福岡市内の民家で、衣料品販売業を営む男性とその妻・子ども2人の一家4人が、強盗目的で押し入った中国人留学生3人に殺害され、遺体は博多湾に遺棄された。実行犯の1人は日本で死刑が執行され、共犯2人は中国に逃亡後、現地で裁判を受けた。
6月21日
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名護市女子中学生拉致殺害事件
1996年（平成8年）6月21日、沖縄県名護市で下校中の女子中学生（当時15歳）が男2人に拉致され、暴行を受けた末に殺害され、国頭郡国頭村の山中に遺棄された。犯人らは約半年後に逮捕され、1999年10月、無期懲役が確定した。現場には観音像が建立され、現在も追悼が続けられている。
6月27日
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松本サリン事件
1994年（平成6年）6月27日夜、長野県松本市の住宅街で神経剤サリンが散布され、死者8人（事件後に死亡した1人を含む）、多数の負傷者を出した事件。当初は第一通報者が疑われたが、後にオウム真理教による組織的犯行と判明し、地下鉄サリン事件と併せて一連の教団関連裁判で審理された。
6月28日
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碧南市パチンコ店長夫婦殺害事件
1998年（平成10年）6月28日夜から29日未明にかけて、愛知県碧南市の民家でパチンコ店店長の男性とその妻が男3人組に襲われ、殺害されて金品を奪われた。DNA型の再鑑定により2010年代に犯人が特定され、主犯格の男は2019年、最高裁で死刑が確定した。
6月29日
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平成11年6月豪雨
1999年（平成11年）6月29日、梅雨前線の影響で広島県を中心に猛烈な集中豪雨が発生し、土石流やがけ崩れが相次いだ。広島県内で死者31人・行方不明者1人の被害を出し、都市近郊の新興住宅地が土砂災害に襲われる「都市型土砂災害」として注目された。この災害を契機に、土砂災害防止法が翌2000年に制定された。